La carriera di Annely Peebo è iniziata in Estonia con lo studio del pianoforte e un diploma in direzione corale. A Vienna si è perfezionata con Gerhard Kahry e ha frequentato i corsi di Lied e opera lirica all’Università per la Musica e le Belle Arti. Nel 1997 è stata scritturata dalla Volksoper di Vienna, dove ha avuto modo di affrontare i ruoli più impegnativi del suo repertorio. Nel 1998 ha cantato nella ripresa di Così fan tutte al Piccolo di Milano, ultima regia incompiuta di Giorgio Strehler. Per la regia di Franco Zeffirelli e la direzione di Plácido Domingo è stata Flora in Traviata a Busseto, Ravenna, Ferrara e Modena. Sono seguiti i ruoli di Medoro nell’Orlando di Händel diretta da Ottavio Dantone nei teatri di Ravenna, Ferrara e Reggio Emilia (2004), Così fan tutte al Teatro Carlo Felice di Genova (2005), la Marchesa Melibea nel Viaggio a Reims di Rossini con regia e scene di Dario Fo a Helsinki, Niklausse nei Racconti di Hoffmann al Savonlinna Festival e il debutto alla Scala in Jenu°fa nel 2007. Nel 2010 è stata applaudita nel ruolo di Carmen alla Volksoper di Vienna, con riprese nel 2013. Sempre a Vienna è stata Maddalena in Rigoletto, poi Sylva Varescu nella Principessa della Czarda di Kálmán e il principe Orlofsky nel Pipistrello di Strauss. Grazie alla sua versatilità la giovane cantante è stata la protagonista del film musicale pluripremiato Leçons de ténèbres. Accanto a Grace Bumbry e Juan Diego Flórez ha partecipato al tradizionale concerto “Christmas in Vienna” nel 2006. I suoi concerti più recenti sono i Kindertotenlieder al Teatro Massimo di Palermo, Des Knaben Wunderhorn con l’Orchestra Sinfonica Siciliana, la Terza Sinfonia di Mahler alla Suntory Hall di Tokyo e lo Stabat Mater di Dvorˇák al Teatro Massimo di Palermo sotto la direzione di Pietari Inkinen, la Nona Sinfonia di Beethoven diretta da Chailly a Parigi, Vienna e Londra con la Gewandhausorchester di Lipsia, Lieder su testi di Marina Cvetaeva di Šostakovicˇ a Praga con la Czech Philharmonic diretta da Tomas Netopil, Das Klagende Lied con la New Japan Philharmonic diretta da Christian Arming, l’Ottava Sinfonia di Mahler con laVERDI diretta da Chailly.