Gian Paolo Fagotto ha lavorato con alcuni fra i principali esponenti internazionali della musica barocca, come Alan Curtis, Jordi Savall, René Jacobs, Frans Brüggen, Philippe Herreweghe e René Clemencic, e con valenti specialisti italiani come Enrico Gatti, Fabio Biondi, Marco Mencoboni, Ottavio Dantone. Si è esibito in Italia, Francia, Germania, Inghilterra, Stati Uniti, Canada, Spagna, Portogallo, Olanda, Belgio, Austria, Svizzera, Principato di Monaco, Marocco, con un repertorio che va dal Rinascimento al Barocco al tardo Settecento. Ha cantato per enti e istituzioni musicali di rilievo internazionale, quali Teatro alla Scala, Teatro La Fenice e Accademia Chigiana in Italia, Opéra e Théâtre des Champs-Elysées a Parigi, Teatro São Carlos e Fondazione Gulbenkian a Lisbona, Concertgebouw di Amsterdam, Festival Musicale di Dresda, Rossini Opera Festival, Festival di Innsbruck, Utrecht, Beaune, Berkeley e numerosi altri. Fra le sue incisioni discografiche troviamo Giasone di Cavalli e Flavio di Händel, l’Euridice di Peri nel ruolo di Orfeo, i Vespri della Beata Vergine di Monteverdi con Savall. Ha fondato e dirige il gruppo vocale Il Terzo Suono.