Le origini della Basilica di San Babila risalgono all’XI secolo, ma della chiesa originale non rimane praticamente nulla a causa dei numerosi interventi di restauro avvenuti nel corso dei secoli.
La prima grande ristrutturazione avviene dalla fine del ‘500 e nel primo decennio del ‘600 non rimane più alcuna memoria della vecchia costruzione romanica: oltre alla facciata, vengono rifatti il pavimento, i tetti e le volte dell’aula; i vecchi capitelli romanici sono ricoperti da stucchi così da diventare degli elementi classici.
Il suo stato di conservazione, con il procedere degli anni, peggiora velocemente a causa di un grave problema di umidità e, all’inizio del XIX secolo, è già necessario un intervento urgente su tetto e volte. Dopo alcuni interventi per migliorare l’areazione e il drenaggio, dal 1880 al 1906 viene eseguito un nuovo grande restauro dell’edificio. Il clima culturale a Milano è oramai cambiato rispetto all’ondata di modernità dell’inizio del secolo ed è emersa una particolare attenzione per l’architettura romanica; si cerca quindi di restaurare e completare la Basilica secondo il suo primitivo linguaggio. Con la conclusione della fronte nel 1906 viene completato quello che allora fu definito “risanamento” e “generale restauro” dell’edificio. In realtà queste opere hanno dato all’antica costruzione un aspetto che non aveva mai avuto nei secoli, ma che rappresenta l’ espressione caratteristica della cultura milanese del tardo Ottocento. In tale veste la chiesa è giunta fino al nostro tempo.