La parrocchia è stata costituita nel 1628 dal Cardinale Federico Borromeo. La chiesa invece, più volte ricostruita, e l’attuale campanile romanico esistono dall’anno 1000; l’ostacolo alla costituzione in parrocchia è stato causato dall’opposizione della famiglia Baggio, proprietaria di gran parte del territorio. Da rilevare anche nelle vicinanze il convento di S.Maria di Baggio (l’attuale Cascina Monastero) retto dal 1400 al 1773 dai frati Olivetani, che ebbero un grande ruolo nella formazione religiosa della popolazione circostante. L’ultima ricostruzione dell’attuale Chiesa Vecchia, con conseguente riconsacrazione nell’anno 1875, è stata provocata da un violento incendio che costrinse nel 1870 al suo abbattimento. Con l’aumento della popolazione che nel 1923, epoca del conglobamento di Baggio nel comune di Milano, era diventata di 7500 anime, si è resa necessaria la costruzione di una nuova chiesa più capiente: l’attuale Chiesa parrocchiale di S. Apollinare, consacrata nel 1942 dal Cardinale Schuster.