Il monastero di Gratosoglio, situato presso l'antica strada Milano-Pavia, fu fondato tra il 1107 e il 1130 da un gruppo di monaci benedettini. Il 4 aprile del 1783 veniva istituita la parrocchia, che verso la metà del secolo scorso fu trasferita nell'attuale sede, progettata dalla Scuola d'arte sacra Beato Angelico e consacrata il 24 aprile 1946 dal cardinale Schuster.
La nuova parrocchia, inizialmente guidata da sacerdoti del clero diocesano, fu retta dai Chierici Regolari di San Paolo (Barnabiti) fino al 2009, anno in cui fu annunciato l’inizio di un cammino comune con San Barnaba . Con la revisione della struttura territoriale della diocesi attuata tra il 1971 e il 1972, sancita dal decreto del 11 marzo 1971, la parrocchia fu inserita nel vicariato urbano e nel decanato di Gratosoglio, in zona pastorale I di Milano città .
Nel 2025 è avvenuta la costituzione della Comunità pastorale Visitazione della Beata Vergine Maria in Milano, comportando il ritorno alla guida della comunità pastorale da parte dei sacerdoti diocesani .