Fondata nel 1911, la San Francisco Symphony è considerata una delle istituzioni musicali più innovative. Sotto la direzione di Michael Tilson Thomas presenta più di 220 concerti all’anno nella propria sede alla Davies Symphony Hall e nel corso di tournée nazionali e internazionali. Nel corso del tour 2006 in Asia si è esibita per la prima volta in Cina, nel 2007 la tournée europea ha compreso due apparizioni teletrasmesse ai BBC Proms di Londra e concerti nei maggiori festival; nel settembre 2008 ha inaugurato la stagione della Carnegie Hall con un gala in onore di Leonard Bernstein, trasmesso dalle emittenti nazionali e uscito in ottobre in dvd per la propria etichetta SFS Media Label con il titolo A Celebration of Leonard Bernstein: Carnegie Hall Opening Night 2008. Per la stessa etichetta ha inciso con Tilson Thomas tutte le sinfonie di Mahler, i balletti di Stravinsky, una raccolta di musiche di Gershwin e il disco Charles Ives: An American Journey, fra gli altri, vincendo numerosi premi fra cui spiccano undici Grammy Award, il Japan’s Record Academy Award e il Grand Prix du Disque.
Nel 2006 con Tilson Thomas ha lanciato il progetto multimediale Keeping Score, ideato per rendere accessibile la musica classica a persone di tutte le età e con diverse esperienze culturali. Il progetto comprende serie radiofoniche e televisive, produzioni di dvd con esibizioni dal vivo, un programma educativo e un innovativo sito web, www.keeepingscore.org: ad oggi circa 5 milioni di persone si sono accostate a questo progetto. La San Francisco Symphony fornisce il più ampio programma educativo e di comunicazione disponibile oggi negli Stati Uniti, Concert for Kids, Music for Families, destinato a ogni bambino dalla prima alla quinta classe delle scuole di San Francisco, che promuove l’insegnamento della musica integrato con le altre arti, oltre alla formazione della SFS Youth Orchestra.