Diplomatosi in percussioni alla Escuela Nacional de Musica di Cuba, nel 1982, nello stesso anno ha cominciato la carriera nell’Orchestra di Musica Moderna di Santa Clara, sua città natale, insieme ad Armando Romeu. Ha suonato con diverse e prestigiose formazioni cubane quali: Orquestra Internacional de Varadero, Orquesta Todos Estrellas (insieme, fra gli altri, a Tata Güines, Frank Emilio, Richard Egües e Omara Portuondo), compiendo tournée in Giappone. Si è esibito con l’Orchestra NG La Banda di José Luis Cortés e, dal 1995 al 2006, con il gruppo “Otra Visión”, del flautista e compositore Orlando “Maraca” Valle, con il quale ha partecipato alla realizzazione di importanti progetti discografici, quali: La Habana llama, con Miguel Díaz Angá e Los Muñequitos de Matanzas, Habana flauta, con Jane Brunet e “Maraca”, Sonando (produzione del progetto Afrocuban Jazz), insieme a Changuito, Tata Güines e Pancho Amat; Descarga total, Tremenda rumba, (nominato al Grammy Latino nel 2003) e Soy yo. Ha compiuto tournée insieme a Wynton Marsalis e ha preso parte ad importanti festival di jazz in tutto il mondo: in Francia (Montreux, Marciac, La Villette e Festival di Cannes, dove si è esibito insieme al grande Tito Puente), negli Stati Uniti (Hollywood, Los Angeles e Jazz Festival Aspen in Colorado), in Canada (Calgary Jazz Festival e Montreal), in Polonia (Jamboree Jazz Festival), in Finlandia (Pori Jazz Festival) e in Ungheria (Budapest Jazz Festival). Dal 2006 entra a far parte del quartetto di Chucho Valdés, intensificando la propria attività: Festival Internazionale di Siviglia, Jazz Festival di Cape Town (Sudafrica), Blue Note Festival e Feria Latina (Milano), Festival di Jazz (Orleáns), Festival Jazz delle Canarie, Festival Jazz di Buenos Aires, Festival Hong Kong Arts. Juan Carlos Rojas (El Peje) si è presentato insieme a percussionisti quali Changuito, Tata Güines, Giovanni Hidalgo, Dave Weckel, Robbie Ameen, Luis Conte, John Sanots, Horacio “El negro” Hernández, Walfredo de los Reyes, Orestes Vilató e ad altri importanti musicisti. Il suo lavoro come strumentista è stato segnalato da riviste quali Jazz Hot, The Batteur e Latin Beat Magazine. Ha tenuto master class in Francia, a Chicago e in Brasile (Festival delle Percussioni). È autore di un metodo per percussioni basato sulla combinazione di batteria e timpani, che può essere utilizzato a differenti livelli di insegnamento musicale.