Nei primi tre decenni del 1600 il Cardinale Federico Borromeo decise di fondare e donare a Milano, dedicandola «alla publica utilità, et al servitio di Dio», una biblioteca e pinacoteca a cui affiancò un Collegio di Dottori e un’Accademia di insegnamento di disegno e scultura: un vero e proprio “progetto culturale integrato”, il cui punto focale stava nell’intuizione che libri, quadri e statue non vanno semplicemente conservati e neppure soltanto mostrati e fruiti, ma debbono continuare a vivere nell’intreccio delle relazioni tra le persone, dalle quali fanno scaturire nuove “creazioni” di cultura e di pensiero.
La Biblioteca, ricca di quasi 700.000 stampati, 15.000 manoscritti (tra cui il celeberrimo Codice Atlantico) in italiano, latino, greco, arabo, siriaco, etiopico, 12.000 disegni (di Raffaello, Pisanello, Leonardo…) e altre rarità (mappe antiche, manoscritti musicali, pergamene e papiri), si presenta come una delle più importanti a livello mondiale. Il nucleo originario della Pinacoteca comprende la collezione di Federico Borromeo, da lui stesso donata all’Ambrosiana nel 1618: pittura veneta e lombarda del XV e XVI secolo, pittura fiamminga e pittura lombarda dei contemporanei. Nelle sale dell’edificio e nei loggiati retrostanti la Chiesa di Santo Sepolcro, decorate negli anni Trenta del Novecento in stile eclettico, sono collocate le raccolte di oggettistica e i dipinti dal XVI al XIX secolo, soprattutto di artisti del Seicento lombardo.