La chiesa fu fondata fuori dalle mura nel 1254 da Frate Lanfranco Settala, priore generale dell'ordine degli Eremiti di S.Agostino. Un decisivo mutamento avvenne nel Seicento quando si procedette alla trasformazione in forme barocche che mimetizzò le antiche strutture architettoniche. La facciata, dopo aver subìto diverse trasformazioni, conserva dell'antica il portale ogivale. All'interno, la chiesa colpisce per le sue dimensioni (96 metri di lunghezza) che la fanno sembrare interminabile; è a croce latina con tre navate divise da pilastri e presenta fisionomia barocca; il transetto di destra è un sacrario del Medioevo milanese. La storia della chiesa è legata ai nomi di celebri personaggi: vi abitò (nell'annessa canonica) per tre mesi Mozart quand'era fanciullo prodigio; sempre nel '700 Sammartini, l'inventore della sinfonia; e il 22 maggio 1874 Verdi stesso vi diresse il suo sublime Requiem in memoria di Manzoni.