L’odierna Chiesa di San Gregorio Magno è posta su quello che fu il luogo di pubblica sepoltura del Lazzaretto (terzo Foppone) reso celebre da Alessandro Manzoni nei “Promessi sposi” con riferimento alla grande pestilenza che colpì Milano nel 1600 .
Le prime notizie della presenza di una Chiesa dedicata al Santo Pontefice e Dottore della Chiesa, datano al tempo di San Carlo Borromeo, quando nelle cronache dell’epoca viene ricordata una Chiesa, con annesso cimitero, a lui dedicata nel XII secolo e posta fuori dalla Porta Orientale, attuale Porta Venezia.
Con l’edificazione del Lazzaretto (prima pietra il 26 giugno 1488) la Chiesa di San Gregorio rimase legata al servizio di coloro che erano lì ricoverati, appestati e moribondi ed a quello dei morti di peste (in particolare nelle epidemie del 1576-78 e del 1629 -31) oltre che ai servizi cimiteriali, atteso che un gran numero di morti per peste venivano tumulati nel “Foppone” (il cimitero chiuse nel 1866, anno dell’apertura del Cimitero Monumentale e riaperto nel 1870, in quanto quest’ultimo era risultato insufficiente).
Quando la Banca di Credito Italiano nel 1881 acquistò il Lazzaretto, incappando nei piani di lottizzazione delle servitù cimiteriali, che l’obbligarono a risarcire il Comune di Milano per la chiusura anticipata del cimitero, si creò una situazione di invendibilità per 10 anni ed inedificabilità per 20 anni per ragioni igieniche. La vecchia Chiesa di S. Gregorio peraltro continuava a fornire il servizio di sostegno agli ammalati.
Nel 1893 i due fratelli sacerdoti don Antonio e Giuseppe Videmari ebbero l’idea di acquistare una parte del terreno del Lazzaretto per costruirvi una piccola Chiesa ove raccogliere le ossa dei morti.
In tale iniziativa si inserì don Luigi Casanova, rettore del Pio Istituto dei Sordomuti poveri, che progettò di costruire un grande tempio, al posto dell’antica Chiesa di San Gregorio in cui custodire in una cripta le ossa disperse dei morti, oltre che una nuova sede per l’Istituto delle Canossiane che operavano per i sordomuti di Milano, un Oratorio festivo e una Scuola per le figlie del popolo.
Fu nominata quindi una commissione composta da eminenti ecclesiastici e laici (don Ettore Bellani, don Giovanni Pasetti, i professori Giovanni Oggioni e Antonio Verga), che raccolse offerte (si segnalano in particolare i benefattori rag. Carlo Pini e mons Emilio Girola) tanto che il 26 maggio 1899 si acquistarono, dal Comune di Milano e da persone private, i terreni per iniziare l’opera di costruzione, che ebbe i suoi esordi ai primi albori del 1900.
Il 6 ottobre 1900 si inaugurò una Chiesa provvisoria in legno, in cui fu posta l’opera pittorica raffigurante Santa Chiara d’Assisi, del pittore milanese Stefano Bersani (oggi posta nella seconda cappella a destra per chi entra in Chiesa). La Santa è infatti festeggiata come co-patrona della Chiesa dedicata a San Gregorio (11 agosto).
La seconda fase di costruzione iniziò il 1 novembre 1903, quando il Beato Cardinale Andrea Carlo Ferrari posò la prima pietra (ancora visibile nella Cripta, scendendo a sinistra rispetto all’altare maggiore). La scelta della data del 1 novembre – festa di Tutti i Santi e inizio delle preghiere di suffragio per i defunti – fu determinata principalmente dalla circostanza che l’area è un grande campo santo in cui riposano le ossa di tantissimi morti.
Conclusa la costruzione il 28 maggio 1908, ad opera della ditta Brambilla, la Chiesa venne solennemente consacrata dal Beato Andrea Cardinal Ferrari il 3 ottobre 1908 con il nome di San Gregorio Magno, con gran concorso di popolo: primo parroco fu nominato don Giovanni Bargiggia. Il nomina del santo della Chiesa si pone in continuità con la vecchia Chiesa di San Gregorio, fuori dal Lazzaretto, che a quel tempo non c’era più (era collocata nei giardini di via B. Marcello sull’asse della via Lecco). Santa Chiara rimase com-patrona della Chiesa insieme a San Gregorio.
All’interno della cripta il Comune di Milano volle fossero conservate le lapidi di autorevoli cittadini, conservate al Cimitero Monumentale, fra cui quelle di Vincenzo Monti e Carlo Porta e i fratelli Appiani. Il 20 maggio del 1909 vennero consacrate invece le 5 campane, che tuttora suonano le ore.
Alla morte di Mons. Casanova rimaneva un grosso debito con la ditta Brambilla, debito che le offerte ordinarie della Chiesa non avrebbero potuto mai coprire, e così la ditta Brambilla procedette ad esecutare ampi spazi di terreno attiguo alla Chiesa (su cui sorse il palazzo d’angolo fra via San Gregorio e piazza Cincinnato, oltre che nell’attuale via Settembrini e del terreno retrostante la Canonica sino a via Boscovich, poi ricomprato in parte da don Enrico Gerosa).
Nonostante le confische, un grosso debito permaneva, tale da minacciare l’esproprio anche della Chiesa stessa, tanto che l’Arcivescovo nominò una commissione per studiare e risolvere il problema e l’11 novembre 1915 vennero introdotti i Padri Oblati Vicari dei Santi Ambrogio e Carlo, che garantirono il mutuo necessario all’acquisto della Chiesa.
Nell’aprile 1916 San Gregorio fu eretta Delegazione Arcivescovile e Padre Alessandro Marchesi fu nominato rettore; dopo 5 anni, il 31 dicembre 1920 fu eretta a Parrocchia Prepositurale dal Beato Card. Ferrari sul letto di morte.
Il primo Parroco fu Padre Carlo Brovelli insediatosi il 26 giugno 1921, che ampliò l’oratorio, realizzò una cappella e i saloni del teatro e per i divertimenti.
Gli successe il 28 settembre 1930 Padre Ludovico Caminada; nel periodo in cui fu Parroco la Casa Madre degli Oblati venne stabilita proprio in San Gregorio.
Padre Caminada affrontò da Parroco il periodo della Seconda Guerra mondiale ed in particolare il bombardamento che il 13 agosto 1943 provocò ( a causa di una forte deflagrazione e della presenza di spezzoni incendiari e dirompenti) l’incendio del tetto, il suo crollo all’interno della Chiesa, con la conseguente distruzione di panche, sedie e porte: gli altari laterali e gli affreschi del Morgari sia nelle Cappelle che sull’Arco Trionfale della Chiesa ne risultarono “ustionati” e deturpati.
Rimasero intatti, invece i due altari laterali (della Madonna e di San Giuseppe), che allora erano nella zona del presbiterio, il coro, il vecchio organo e le due sacrestie.
L’incendio si protrasse per giorni tanto da distruggere il pavimento, e di conseguenza le celebrazioni si svolsero per diverso tempo nella Cripta sottostante.
Nel 1955 la Casa Madre degli Oblati venne trasferita al Santuario della Madonna dei Miracoli in S. Celso, sempre a Milano.