Carlo Boccadoro ha studiato al Conservatorio "Giuseppe Verdi" di Milano dove si è diplomato in pianoforte e strumenti a percussione. Nello stesso istituto ha studiato composizione con diversi insegnanti, tra i quali Paolo Arata, Bruno Cerchio, Ivan Fedele e Marco Tutino.

Dal 1990 la sua musica è presente in tutte le più importanti stagioni musicali italiane: Teatro alla Scala, Accademia di Santa Cecilia, Orchestra Sinfonica Nazionale della RAI, Biennale di Venezia, Teatro Filarmonico di Verona, Teatro Regio di Torino, MITO Settembre Musica, Teatro Carlo Felice di Genova, Mittelfest, Teatro Comunale di Bologna, Ferrara Musica, Aterforum, Maggio Musicale Fiorentino, Orchestra della Toscana, Cantiere Internazionale D’Arte di Montepulciano, Accademia Filarmonica Romana, Teatro Massimo di Palermo e molte altre.

La sua musica è stata inoltre eseguita in molti paesi, tra i quali: Francia, Spagna, Germania, Olanda (Concertgebouw di Amsterdam), Inghilterra, Scozia (Royal Academy di Glasgow), USA (Bang on a Can Marathon, Aspen Music Festival, Monday Evening Concerts di Los Angeles) e in Giappone.

Nel 2001, per l’Accademia di Santa Cecilia, Luciano Berio gli ha commissionò un’opera per ragazzi, La Nave a Tre Piani, andata in scena nella stagione 2005/2006 e successivamente ripresa dal Teatro Regio di Torino. Inoltre, sempre per il teatro, ha composto il balletto Games (Teatro alla Scala, coreografia di Fabrizio Monteverde) e quattro opere di teatro musicale.

Nel 1998 il progetto europeo "Il suono dei parchi" (coordinato da Enzo Restagno, Roman Vlad, Gerard Grisey, George Benjamin e Louis Andriessen) gli ha commissionato il brano Uber Allen Gipfeln per 10 strumenti.

Nel 2003 il suo brano Bad Blood per pianoforte e 5 strumenti è stato selezionato dalla Rai per partecipare alla Tribuna internazionale dei Compositori dell’ UNESCO.

Carlo Boccadoro è tra i fondatori del progetto culturale "Sentieri selvaggi”.